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El genoma de la vid podría estar secuenciado en tres años
José Miguel Martínez Zapater
Centro Nacional de Biotecnología, CSIC
zapater@cnb.uam.es

La pasada primavera Francia e Italia firmaron un acuerdo para colaborar en la secuenciación del genoma de la vid. En una reunión del Programa COST de Viticultura, celebrada del 6 al 8 de octubre en el Instituto de Mejora Genética de la Vid en Siebeldingen (Alemania), la Dra. Anne-Francoise Adam-Blondon, coordinadora francesa de este proyecto, presentó sus características. El genoma elegido para la secuenciación es el de un genotipo altamente homocigótico (derivado de sucesivas generaciones de autofecundación de la variedad pinot noir) y la estrategia que se va a utilizar es la de secuenciación aleatoria conocida en inglés como shot gun. Esta estrategia se basa en la secuenciación de miles de fragmentos aleatorios de DNA genómico de distintos tamaños (3 kbp, 10 kbp) y extremos de clones en BAC (cromosomas artificiales bacterianos) y su ensamblaje mediante programas informáticos. La secuencia completa estará disponible en bases de datos públicas en los próximos años.

La vid posee un tamaño genómico de 475 millones de pares de bases organizado en 19 cromosomas. Este genoma es relativamente pequeño si se compara con los que presentan otras especies de plantas y es equivalente al genoma del arroz cuya secuenciación se ha concluido recientemente. El proyecto de secuenciación aleatoria del genoma de la vid pretende secuenciar entre 10 y 12 equivalentes genómicos, es decir 4750-5700 millones de pares de bases, para tener una alta probabilidad de cubrir la mayor parte del genoma con suficiente calidad de secuencia. De momento, la financiación disponible alcanza para secuenciar ocho equivalentes genómicos. El consorcio francés Genoscope financia la secuenciación de cinco equivalentes genómicos por Genoplante, y el Gobierno italiano aporta fondos para la secuencia de tres equivalentes genómicos por parte de un consorcio de universidades italianas. El proyecto está abierto a la participación de nuevos socios que quieran colaborar en su financiación y ejecución. Para aquellos interesados se estima que, en el caso de la vid, el coste de la secuenciación es de un millón de euros por equivalente genómico.

Para más información contactar con: José Miguel Martínez Zapater, Centro Nacional de Biotecnología, CSIC

[27.10.05]
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(C) de la publicación: RUBES EDITORIAL